Découvrir Quarto

Formation doctorale du Collège Doctoral de Bretagne

Authors

Affiliations

Damien Belvèze

Université de Rennes

Kilian Heutte

Université Rennes 2

Published

February 2, 2026

Cette formation de 3 heures est destinée aux doctorant.e.s du Collège doctoral de Bretagne. D’autres ateliers du même type ont également été produits par l’équipe ARDoISE.

Avant de commencer

Il est recommandé d’installer R et Rstudio ou un IDE pouvant supporter R (et Quarto) sur votre machine avant la séance.

Objectifs de la formation

Initiation à Quarto, l’outil polyvalent pour créer des notebooks et documents interactifs ;
Écriture de rapports scientifiques et optimisation de leur mise en forme ;
Création de présentations dynamiques, de dashboards et de supports adaptés à divers formats (PDF, HTML etc.)

Accès aux ressources

Le support de présentation est accessible ici. Tous les fichiers servant de support à cette formation sont accessibles sur l’instance Gitlab d’Huma-Num.

├───📁presentation             # Dossier contenant le support de présentation
│   ├───📁.quarto              # Cache de la présentation
│   ├───📁biblio               # Bibliographie/références (fichiers .bib, PDF, etc.)
│   ├───📝_quarto.yml          # Fichier de configuration
│   ├───📁images               # Images utilisées dans la présentation (figures, logos)
│   └───📁_site                # Render des fichiers (Ne rien éditer directement dedans)
├───📁script                   # Scripts d'exercice
│   ├───📝01_rapport.qmd
│   ├───📝02_slides.qmd
│   ├───📝03_dashboard_penguins.qmd
│   └───📁images               # Images utilisées dans les scripts
└───📁_extensions

Introduction

Quarto est un système de publication scientifique et technique open source. Il est possible de créer du contenu dynamique avec Python, R, Julia et Observable.

Il permet de rédiger des articles, des présentations, des tableaux de bord, des sites web, des blogs et des livres reproductibles et de qualité professionnelle aux formats HTML, PDF, MS Word, etc. Quarto utilise le format Markdown de Pandoc, y compris les équations, les citations, les références croisées, les panneaux de figures, les légendes, la mise en page avancée.

Le script, un des piliers de la science ouverte

la structuration des analyses sous forme de scripts (séquences d’instructions exécutant les différentes opérations d’une analyse) offre de nombreux avantages¹ :

Conserve l’intégralité des étapes d’une analyse (importation des données, traitement/recodages)
Permet de corriger ou modifier les traitements à tout moment
Facilite la réexécution rapide d’une série d’opérations complexes
Permet de mettre à jour facilement les résultats en cas de modification des données sources
Assure, sous certaines conditions, la reproductibilité des résultats obtenus

phase 1 : Faire un rapport scientifique avec Quarto

01_rapport.qmd = Donner un aperçu des potentialités de Quarto

phase 2 : Faire un diaporama avec Quarto

02_slides.qmd = Introduire la question des supports visuels rédigés au format texte. Cette présentation aboutit à une proposition d’exercice qui est la suivante ; en partant d’un support type powerpoint, les apprenant.e.s doivent reproduire avec Quarto les trois premières slides (slide de titre incluse) de leur support

phase 3 : Faire un dashboard dynamique pour présenter des données avec Quarto

dashboard_penguins.qmd = présentation du dashboard Quarto avec le jeu de données “Palmer Penguins”
exo_dashboard.qmd = support d’exercice destiné à l’entraînement. Le but est d’enrichir en s’inspirant du modèle dashboard_penguins
exo_dashboard_solution.qmd : solution à l’exercice proposé lors de cette phase

Des questions, un besoin d’accompagnement ?

ARDoISE, un guichet unique qui répond à vos questions et vous propose un accompagnement à la gestion de vos données, codes sources et logiciels de recherche, dans la perspective du partage et de l’ouverture contrôlée de ceux-ci.

Contactez-nous à l’adresse suivante : guichet-ardoise@groupes.renater.fr

References

Barnier, J. & Kauffmann, M. Juba/tidyverse: v2023-02-06. Zenodo https://doi.org/10.5281/zenodo.7612595 (2023).

--- title: "Découvrir Quarto" subtitle: Formation doctorale du Collège Doctoral de Bretagne date: 02/02/26 author: - name: Damien Belvèze email: damien.belveze@univ-rennes.fr affiliation: - name: Université de Rennes - name: Kilian Heutte email: kilian.heutte@univ-rennes2.fr affiliation: - name: Université Rennes 2 output: html: from: markdown+emoji code-tools: true code-overflow: wrap glossary: path: glossary.yml popup: hover show: true bibliography: biblio/biblio.bib csl: biblio/nature.csl --- ![](images/titanic_draw.png){style="width:350px; height:auto;" class="illustration"} Cette formation de 3 heures est destinée aux doctorant.e.s du Collège doctoral de Bretagne. D'autres [ateliers du même type](https://gitlab.huma-num.fr/ardoise) ont également été produits par l'équipe ARDoISE. ::: {.callout-warning} ## Avant de commencer Il est recommandé d'installer R et Rstudio ou un IDE pouvant supporter R (et Quarto) sur votre machine avant la séance. ::: ## Objectifs de la formation - Initiation à Quarto, l’outil polyvalent pour créer des notebooks et documents interactifs ; - Écriture de rapports scientifiques et optimisation de leur mise en forme ; - Création de présentations dynamiques, de dashboards et de supports adaptés à divers formats (PDF, HTML etc.) ## Accès aux ressources Le support de présentation est [accessible ici](https://quarto-et-r-ef3658.gitpages.huma-num.fr/). Tous les fichiers servant de support à cette formation sont accessibles [sur l'instance Gitlab d'Huma-Num](https://gitlab.huma-num.fr/ardoise/quarto-et-r). ```bash ├───📁presentation # Dossier contenant le support de présentation │ ├───📁.quarto # Cache de la présentation │ ├───📁biblio # Bibliographie/références (fichiers .bib, PDF, etc.) │ ├───📝_quarto.yml # Fichier de configuration │ ├───📁images # Images utilisées dans la présentation (figures, logos) │ └───📁_site # Render des fichiers (Ne rien éditer directement dedans) ├───📁script # Scripts d'exercice │ ├───📝01_rapport.qmd │ ├───📝02_slides.qmd │ ├───📝03_dashboard_penguins.qmd │ └───📁images # Images utilisées dans les scripts └───📁_extensions ``` ## Introduction [Quarto](https://quarto.org/) est un système de publication scientifique et technique open source. Il est possible de créer du contenu dynamique avec Python, R, Julia et Observable. Il permet de rédiger des articles, des présentations, des tableaux de bord, des sites web, des blogs et des livres reproductibles et de qualité professionnelle aux formats HTML, PDF, MS Word, etc. Quarto utilise le format Markdown de Pandoc, y compris les équations, les citations, les références croisées, les panneaux de figures, les légendes, la mise en page avancée. ::: {.callout-tip collapse="true"} ## Le script, un des piliers de la science ouverte la structuration des analyses sous forme de scripts (séquences d'instructions exécutant les différentes opérations d'une analyse) offre de nombreux avantages [@julien_barnier_2023_7612595] : - Conserve l'intégralité des étapes d'une analyse (importation des données, traitement/recodages) - Permet de corriger ou modifier les traitements à tout moment - Facilite la réexécution rapide d'une série d'opérations complexes - Permet de mettre à jour facilement les résultats en cas de modification des données sources - Assure, sous certaines conditions, la reproductibilité des résultats obtenus ::: **phase 1** : Faire un rapport scientifique avec Quarto - *01_rapport.qmd* = Donner un aperçu des potentialités de Quarto **phase 2** : Faire un diaporama avec Quarto - *02_slides.qmd* = Introduire la question des supports visuels rédigés au format texte. Cette présentation aboutit à une proposition d'exercice qui est la suivante ; en partant d'un support type powerpoint, les apprenant.e.s doivent reproduire avec Quarto les trois premières slides (slide de titre incluse) de leur support **phase 3** : Faire un dashboard dynamique pour présenter des données avec Quarto - *dashboard_penguins.qmd* = présentation du dashboard Quarto avec le jeu de données "Palmer Penguins" - *exo_dashboard.qmd* = support d'exercice destiné à l'entraînement. Le but est d'enrichir en s'inspirant du modèle *dashboard_penguins* - *exo_dashboard_solution.qmd* : solution à l'exercice proposé lors de cette phase --- ::: {.callout-note collapse="true"} ## Des questions, un besoin d'accompagnement ? [ARDoISE](https://scienceouverte.univ-rennes.fr/ardoise-atelier-rennais-de-la-donnee#p), un guichet unique qui répond à vos questions et vous propose un accompagnement à la gestion de vos données, codes sources et logiciels de recherche, dans la perspective du partage et de l'ouverture contrôlée de ceux-ci. ![](images/logo_ardoise.png){style="width:350px; height:auto;" class="illustration"} Contactez-nous à l’adresse suivante : guichet-ardoise@groupes.renater.fr ::: ---